Linphonecではコンソール上でsoundcard useを使って音声出力・入力デバイスを指定できるけど、個別には指定することが出来ない様子。例えばPulseaudioとALSAを混ぜて使いたい時(があるかどうかは別にして)、soundcard useで指定すると音声出力・入力デバイスはどちらか片方になってしまう。そういう場合は、直接設定ファイルをいじればよい。
設定ファイルの場所は、
・Linux系なら、~/.linphonerc
・Windowsなら、%APPDATA%\Linphone\linphonerc
がデフォルトになっているので、それを編集する。
ちなみにLinphoneのプロセスが立ち上がっている状態で上書きしても、プロセスが落ちる時に再度上書きされてしまうので、ちゃんと落としてから弄る方が良さげ。